La costruzione del manufatto nel 1155, ad opera probabilmente degli stessi magistri antelami che realizzarono Porta dei Vacca (Maestro Giscardo, Giovanni Bono Cortese e Giovanni di Castello) è documentata nelle epigrafi murate al suo interno, la cui riscoperta avvenuta nel 1865, diede il via a una lunga stagione di restauri. La rimozione delle abitazioni addossate a Porta Soprana sin dal XVI sec. avviene a fine Ottocento con l'intervento di D'Andrade, in occasione della sistemazione di Via XX Settembre e piazza De Ferrari, e negli anni '30 del secolo scorso quando Orlando Grosso dirige il restauro della torre sud conseguente all'apertura di piazza Dante. Il progetto delle mura del XII sec. erette contro l'imperatore Federico di Hoenstaufen detto il Barbarossa, prevedeva una porta all'estremo levante del nucleo urbano primitivo sul valico del Piano di S. Andrea, laddove la rete viaria conduceva quasi ininterrottamente all'antico castrum (via Ravecca), al porto del Mandraccio (salita del Prione) e alla parte opposta della città, presidiata da Porta Sottana (di Santa Fede o dei Vacca). La doppia denominazione deriva al manufatto sia dalla sua collocazione nel punto più elevato della cinta muraria sia dalla presenza del vicino monastero di S. Andrea, demolito agli inizi del XX sec. per tracciare Via Dante. La porta, che si identificò sin dall'inizio con la città medioevale racchiusa dalla coeva cerchia difensiva, assunse un significato celebrativo recuperando il concetto di "porta sacra".