Alla fine del '400 il pericolo delle incursioni turche spinse il vicerè Juan Dusay a potenziare le fortificazioni di Cagliari. Per rafforzare il lato settentrionale della cinta muraria del quartiere di Castello furono costruiti un antemurale e un fossato a ridosso della torre medievale di San Pancrazio. Questo sistema difensivo risultò presto superato con la diffusione delle armi da fuoco e fu modificato successivamente dagli ingegneri militari. Nell'Ottocento divenne ospedale delle Carceri ed in seguito deposito della Soprintendenza Archeologica. Per molti anni il complesso di San Pancrazio è stato utilizzato come deposito di materiali provenienti dagli scavi della Soprintendenza archeologica, mentre un progetto redatto da Raffaello Delogu negli anni Trenta, prevedeva l'utilizzo di questi ambienti per scopi espositivi. Successivamente l'importanza storico-monumentale del complesso ha condotto a ripensare la sua funzione in termini di destinazione museale. Con i fondi del gioco del Lotto sono state finanziate le opere necessarie alla realizzazione di uno spazio espositivo per le collezioni acquisite al patrimonio dello Stato, recuperando le valenze architettonico-difensive del complesso. Per salvaguardare l'unitarietà spaziale, si è scelta una struttura costituita da elementi portanti in acciaio, reggenti un solaio in doghe in legno, che consente di apprezzare gli elementi originari delle antiche strutture